Kunnostusojitusten yhteydessä pintavalutuskenttää kannattaa hyödyntää vesienpuhdistukseen. Lisäksi kaivamalla matalampia ojia voidaan vähentää kunnostusojituksen vesistö- ja ilmastovaikutuksia, ja silti ylläpitää riittäviä edellytyksiä puuston kasvulle.
Tapio on käynnistänyt hankkeen, jossa mallinnetaan metsien ojitusalueiden kunnostustarvetta. Ojien kunnostuksen oikealla kohdentamisella voidaan vähentää vesistö- ja ilmastohaittoja puuston kasvusta tinkimättä.